Situé au sommet du même plateau rocheux d’argile et de calcaire à astéries que Saint-Emilion, surplombant les communes de Pomerol et Saint-Émilion, le Puy domine la vallée de la Dordogne, à 107 mètres au-dessus du niveau de la mer en étant le deuxième point géodésique le plus haut de Gironde. Cette position donne d’ailleurs son nom au domaine déjà sous l’aire romaine : le « puy » désignant un lieu élevé, un podium, ou un sommet montagneux.